Pembinaan kemahasiswaan di Pendidikan IPA, FMIPA, Universitas Negeri Yogyakarta diarahkan untuk menciptakan keseimbangan antara pembinaan bidang kurikuler dengan ekstrakurikuler. Upaya yang dilakukan tentu berorientasi pada terciptanya komunikasi dan kerjasama yang baik antara pimpinan perguruan tinggi, staf pengajar, dan pengurus Ormawa. Dalam pelaksanaannya pembinaan kemahasiswaan selalu melibatkan pembimbing/pendamping kemahasiswaan dalam pengembangan program kemahasiswaan. Pada gilirannya prestasi mahasiswa di bidang akademik dan kemahasiswaan dalam tingkat regional, nasional maupun internasional dapat meningkat.